根据教育部公布的全国双一流大学名单，南京农业大学是双一流大学。目前，双一流大学共评选了2轮，首批建设高校为140所，最新第二轮建设高校为147所，江苏有16所大学入选，其中就有南京农业大学。南京农业大学是双一流大学，双一流建设学科为作物学、农业资源与环境。
双一流建设即建设世界一流大学和世界一流学科，是中国高等教育领域继211工程、985工程之后的又一重要国家战略，有利于提升中国高等教育综合实力和国际竞争力。目前985工程、211工程等重点大学建设项目已经统筹为双一流建设。
以下是江苏双一流建设大学名单及建设学科：
| 序号 | 学校名称 | 所在地 | 建设学科 |
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| 1 | 南京大学 | 南京 | 哲学、理论经济学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理 |
| 2 | 东南大学 | 南京 | 机械工程、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论 |
| 3 | 南京航空航天大学 | 南京 | 力学、控制科学与工程、航空宇航科学与技术 |
| 4 | 南京理工大学 | 南京 | 兵器科学与技术 |
| 5 | 河海大学 | 南京 | 水利工程、环境科学与工程 |
| 6 | 苏州大学 | 苏州 | 材料科学与工程 |
| 7 | 南京农业大学 | 南京 | 作物学、农业资源与环境 |
| 8 | 南京师范大学 | 南京 | 地理学 |
| 9 | 江南大学 | 无锡 | 轻工技术与工程、食品科学与工程 |
| 10 | 中国药科大学 | 南京 | 中药学 |
| 11 | 中国矿业大学 | 徐州 | 矿业工程、安全科学与工程 |
| 12 | 南京邮电大学 | 南京 | 电子科学与技术 |
| 13 | 南京信息工程大学 | 南京 | 大气科学 |
| 14 | 南京中医药大学 | 南京 | 中药学 |
| 15 | 南京林业大学 | 南京 | 林业工程 |
| 16 | 南京医科大学 | 南京 | 公共卫生与预防医学 |
南京农业大学位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属全国重点大学，是国家双一流、211工程、985工程优势学科创新平台重点建设高校。学校前身可溯源至1902年三江师范学堂农业博物科和1914年金陵大学农科。