上海高考志愿的填报方式采用的是院校专业组模式。
在上海高考中，一个院校若干个要求相同的专业会组成一个院校专业组，而这个院校专业组即为一个独立的志愿填报单元。调剂也是在这个组内进行。这种模式既体现了高校对专业要求的重视，也给予了考生更细致的选择空间。
一、本科阶段
本科阶段的招生模式实行的是“两依据一参考”。这里的“两依据”指的是考生的高考成绩和高中综合素质评价信息。高考成绩由语文、数学、外语这三门统一高考科目的成绩以及学生自主选择的普通高中学业水平等级性考试科目的成绩组成。政策性加分会被计入高考成绩，但仅限于高校有分省招生计划的招生项目。对于不安排分省招生计划的艺术类专业、高水平运动队等招生项目，政策性加分则不适用。高中综合素质评价信息的具体使用办法则由各校在招生章程中明确说明。
在本科阶段的招生中，以院校专业组的方式进行。这是由高校根据人才培养的需要以及不同专业的科目要求来设置的，也是本科志愿填报与投档录取的基本单位。一个高校可以设置一个或多个院校专业组，每个院校专业组内可以包含数量不等的专业。即使同一高校的科目要求相同的专业，也可以分设在不同的院校专业组中，但同一院校专业组内的各专业科目要求必须相同。
二、专科阶段
专科阶段的招生录取则是以院校为单位进行的。其录取的基本依据是考生语文、数学、外语这三门统一高考科目的成绩。如果考生获得了政策性加分，那么会被计入总分。至于高中综合素质评价信息的具体使用办法，会在各校的招生章程中明确说明。